Meses después de renunciar al cargo de líder del Comando Stargate, la Dra. Elizabeth Weir ha estado trabajando en el puesto de avanzada en la Antártica, reuniendo miembros para una expedición que se embarca a la ciudad perdida de Atlantis. Cuando parece que son capaces de determinar la dirección del Stargate, una nueva...

El Dr. Beckett ha desarrollado una terapia genética experimental para darle el gen de los Antiguos a aquellos que nacieron sin él. La primera persona en someterse a la terapia es el Dr. McKay, quien prueba el gen con un escudo personal de los Antiguos. El problema comienza cuando no puede desactivarlo. Mientras tanto, una...

El Puddle Jumper del equipo del Mayor Sheppard queda atascado en la Stargate, sin posibilidad de pasar, mientras que un desagradable insecto está adherido al cuello del Mayor Sheppard, drenando su vida como un Wraith. El equipo solo tiene 38 minutos antes de que la Stargate se cierre cortando la nave en dos.

Después de que el equipo del Mayor Sheppard es atacado una vez más por los Wraiths, Weir y el Sargento Bates comienzan a sospechar que uno de los Athosianos pueda ser un espía, pero cuando ordenan una investigación, toda evidencia apunta a Teyla. Enfurecidos por el hecho de que la Dr. Weir no confie en ellos, los Athosianos...

El equipo visita un planeta donde nadie tiene más de 24 años, debido a rituales suicidas que ellos creen mantienen a los Wraiths alejados. En realidad, los Wraiths no pueden atacar debido a un campo electro-magnético que deja a toda la tecnología inútil. Investigando descubren que la fuente de energía del campo es un MPC....

El Mayor Sheppard ofrece de voluntario al Dr. Beckett para ayudar a los Hoffanos, quienes están desarrollando una vacuna en contra de los Wraiths. Pero los Hoffanos están dispuestos a ir a cualquier extremo para eliminar a su enemigo, incluso si eso significa la destrucción de la mayoría de su gente.

Sheppard y su equipo visitan el planeta de los Genii para comerciar con ellos, así la ciudad no tiene que recurrir al racionamiento. De acuerdo con Teyla, su pueblo ha comerciado con ellos en el pasado y cree que son pacíficos granjeros. Sin embargo, pronto Sheppard y McKay encuentran un bunker subterráneo, permitiéndoles...

El equipo encuentra un planeta con una atmósfera llena de energía que les permitirá marcar a la Tierra. Sorprendentemente, el S.G.C. les da la bienvenida, diciéndoles que podrán regresar gracias al nuevo hiperpropulsor del Prometheus. Sin embargo cuando los motores explotan, el equipo comienza a descubrir el misterio de la situación.

Una gigantesca tormenta que tiene lugar cada 20 o 30 años, se dirige a Atlantis y devastará la ciudad a menos que McKay y Zelenka encuentren la manera de activar el escudo. Pero no es coincidencia que los Genii invadan la ciudad en su momento más vulnerable.

Sheppard combate contra los Genii quienes tienen a Dr. Weir y a Dr. McKay como rehenes. Mientras tanto, la mayor parte de la tormenta se aproxima a la ciudad y podría aplastarla en su frágil estado. Convenciendo a sus captores de reparar la ciudad para activar el escudo, McKay gana tiempo para el rescate, mientras que el...

Cuando Sheppard, McKay, y dos científicos investigan un satélite defensivo de los Antiguos, descubren una llamada de auxilio proveniente de una nave Wraith. Al investigar, encuentran un Wraith con 10,000 años que no morirá fácilmente gracias a que ha comido recientemente. Parece que la única forma de matarlo será,...

Mientras examinan el daño causado a la ciudad por la tormenta, McKay, Ford, Zelenka y un grupo de científicos son infectados por un virus que los está matando uno por uno. Pero cuando un científico empieza a tener alucinaciones, escapa hacia la ciudad mientras está en cuarentena, amenazando a toda la población.

Cuando la nave Wraith que los persigue es destruida por una misteriosa arma energética. El equipo del Mayor Sheppard se dirige al planeta a investigar. En él encuentran una civilización pacífica y libre de Wraiths en la cual creen que son protegidos por una diosa. Los habitantes llevan al equipo a ver a su sacerdotisa, quien...

Mientras exploran la ciudad, Sheppard, Ford y Teyla encuentran en éxtasis a una mujer muy anciana, quien creen que es una de los Antiguos. Ella dice ser la Dr. Weir, y el examen de ADN lo confirma. Una vez estable, comienza a contar una historia que lleva guardando durante 10.000 años: como fue ella, quien salvo la ciudad de...

Mientras tratan de localizar un MPC, el equipo descubre como La Hermandad lo ha escondido de los Wraiths a petición de los Antiguos. Mientras tratan de descubrir donde está, el equipo se encuentra con Kolya. Pero Atlantis tiene sus propios problemas cuando un Dardo Wraith aparece sobre la ciudad.

McKay encuentra una manera de abrir el Stargate a la Tierra por 1.3 segundos, que los permitirá mandar un mensaje de alta compresión (más tarde mcKay logra mejorar la compresión de datos aumentando el tiempo a 2.6 segundos) al S.G.C. que podrá incluir reportes de misiones, especificaciones de la ciudad, y mensajes...

Teyla empieza a tener sueños relacionados con los Wraiths, pero más que nada uno en el que ella se convierte en uno. Mientras trata de averiguar más sobre su pasado, se encuentra con un laboratorio de los Wraiths, el cual el Dr. Beckett usa para hacer un asombroso descubrimiento acerca de su ADN.

El Dr. McKay, el Dr. Grodin, y el Teniente Miller van al satélite defensivo a tratar de repararlo y usarlo para destruir las naves de los Wraiths que se aproximan a Atlantis. Mientras tanto, el personal se prepara para la evacuación, cuando descubren que el piloto del Dardo kamikaze está en la ciudad.

El S.G.C. ha encontrado un MPC, y como resultado del mensaje enviado, refuerzos llegan a la ciudad para ayudar contra los Wraiths. El recién llegado Coronel Everet dice que el MPC está en camino gracias a la nueva nave de la Tierra, y que necesitan resistir por 4 días, o la ciudad podría perderse para siempre.

La oportuna llegada del Daedalus, liderado por el Coronel Caldwell, salva la vida del Mayor Sheppard, pero quizás no sea suficiente para derrotar a las naves Wraith. Afortunadamente gracias al MPC, McKay quizás pueda realizar otro milagro.

Sheppard, Weir, McKay y Beckett regresan de su viaje a la Tierra en el Daedalus pero la nave empieza a sufrir dificultades técnicas. Después de 2 muertes por malfuncionamientos, se descubre que la nave ha sido infectada por un virus de los Wraiths durante el sitio, y ahora la nave tiene el instinto de mantenerse viva y matar.

Mientras investigan un nuevo planeta, uno de los equipos encuentra una pista del paradero del Teniente Ford. Durante la búsqueda, el recién ascendido Teniente Coronel Sheppard y Teyla son capturados por Ronon Dex, un corredor, un hombre al que los Wraiths cazan por placer. Cuando Beckett quita el aparato que les permite a...

McKay y la Teniente Laura Cadman son capturados por un Dardo Wraith, pero es derribado para impedir que los Wraiths descubran Atlantis. Cuando Zelenka finalmente logra transportarlos fuera del aparato, solo consigue sacar a McKay, con la mente de Cadman atrapada dentro. Mientras que, Sheppard prueba a Ronon para convertirlo...

El equipo del Coronel Sheppard encuentra a una civilización tecnológicamente avanzada que deja a sus criminales en la isla donde el Stargate esta para que los Wraiths se alimenten de ellos y dejen a los demás en paz. Pero después de que los prisioneros derriban el Jumper, descubren que las cosas no son tan claras como parecen.

Después de encontrar un generador de energía experimental de los Antiguos muy inestable y peligroso que mato a los mismos, McKay se obsesiona con triunfar donde los Antiguos fallaron, pero el precio puede ser demasiado alto. Mientras, Teyla y Ronon van al planeta Balkan a comerciar, donde descubren que no toda la gente de...

Mientras investigan un planeta, el equipo se cruza con una joven Wraith quien vive con un humano al que llama padre. Ella dice que no se alimenta de humanos, gracias a una droga que le quita la necesidad de hacerlo. Al comprobar que lo que dice es verdad, Beckett revela la posibilidad de transformarla en humana usando su...

Después de ser infectado con el retro-virus por Ellia, el equipo corre contra reloj para encontrar la forma de revertir la transformación de Sheppard en un híbrido entre humano e insecto Iratus. Pero incluso con Sheppard haciéndoselos difícil puede que el sea la clave de su propia salvación.

El equipo encuentra una nave de batalla de los Antiguos todavía habitada por estos en animación suspendida, pero conectados a través de ambiente virtual. Sheppard entra para obtener la información sobre como vencer a los Wraiths, pero los Antiguos no tienen idea que el ambiente virtual no es real, excepto por un Wraith que...

El equipo es emboscado por Ford y sus nuevos amigos y llevados a su base en otro planeta donde descubren que todo el grupo usa la enzima de los Wraiths. Ford fuerza al equipo, con excepción de Sheppard, a tomarla para así acompañarlos a destruir una nave Colmena, y así Atlantis admita el poder de la enzima.

Sheppard, Ronon, Teyla y Ford son capturados abordo de la Colmena durante su intento de destruirla, la Reina lleva a Sheppard para interrogarlo. Preocupado por sus compañeros, McKay se inyecta una gran dosis de la enzima para escapar, regresar a Atlantis e informar sobre la situación, la ciudad envía al Daedalus al rescate.

Mientras investigan un aparato de los Antiguos, Sheppard queda atrapado dentro, separado del resto del equipo. Mientras tratan de sacarlo, el equipo descubre que el tiempo pasa mucho más rápido dentro y que Sheppard podría morir de viejo antes de que puedan sacarlo.Pero sheppard descubre a un grupo de gente tratando de...

El N.I.D., ha descubierto que El Trust se ha infiltrado en Atlantis y ha plantado una bomba, la cual explotara la próxima vez que marquen a la Tierra. Para agregar más tensión, dos Cruceros Wraiths se dirigen a la ciudad, la Dr. Weir quiere averiguar si hay algún espía Goa'uld en Atlantis antes de que los Wraiths lleguen.

Durante la prueba del Jumper derribado en el episodio 2x05 recientemente reparado, este se estrella en el océano, dejando al Dr. McKay atrapado bajo el agua. Empezando a mostrar las primeras señales de estar perdiendo la esperanza y la razón, deberá confiar en su alucinación de la Teniente Coronel Samantha Carter para sobrevivir.

En un planeta con una ciudad como Atlantis el equipo descubre el Lord Protector aleja a los Wraiths con una gran dotación de Drones, pero que trata a su pueblo con poca dignidad. Cuando el muere repentinamente, el Coronel Sheppard queda atrapado en la disputa entre los herederos del trono.

El equipo de Sheppard encuentra dos cápsulas de estasis flotando en el espacio y regresan a la ciudad con ellas. Al abrirlas, las mentes de las personas en ellas son transferidas a los cuerpos de Weir y Sheppard. Pero cuando descubren que los dos son enemigos esperando resolver una antigua disputa, el combate pone en peligro...

Después de la supuesta muerte del equipo del Mayor Lorne, Ladon Radim llega a la ciudad buscando derrocar al líder de los Genii. A pesar de las sospechas aceptan ayudar, ya que parece haber encontrado un MPC que está dispuesto a comerciar por suministros. Pero luego, los verdaderos motivos de Radim se revelan.

El Teniente Michael Kenmore despierta en Atlantis sin tener idea de quien es, sin embargo tiene algunos recuerdos acerca de los Wraiths. Pero cuando la gente comienza a tratarlo de manera extraña, empieza a sospechar que podría ser un Wraith convertido en humano.

El equipo va a un puesto de avanzada de los Antiguos habitado por miles de personas, pero pronto un supervolcán es descubierto debajo de ellos. Mientras tratan de escapar, el Stargate es tragado por la lava, con ninguna forma posible de escapar, Dr. McKay deberá tratar de salvarlos reparando una nave de batalla de los Antiguos.

Atlantis une fuerzas con una facción de los Wraiths que buscan ayuda para destruir a su enemigo común, los Wraiths. Debido a que los Wraiths están enfrentados en una guerra civil, ellos sugieren usar el retro-virus para convertir Wraiths en humanos y así poder alimentarse de ellos y no de los humanos de la galaxia.

Después de que los Wraiths traicionaron a la expedición, comienzan su viaje a la Tierra con McKay y Ronon a quienes tienen capturados. Mientras tanto, Elizabeth deberá responder a la IOA por sus acciones durante la alianza con los Wraiths y Sheppard deberá evitar que las Colmenas lleguen a la Tierra, a toda costa.

El equipo tuvo éxito en usar el retro-virus para convertir a toda la tripulación de la Colmena en humanos, y los llevan a un planeta sin Stargate convenciéndolos que están enfermos, pero los Wraiths comienzan a sospechar de la historia que el equipo les ha dicho. Mientras tanto, Richard Woolsey llega a Atlantis a ver si la...