Shinji Ikari es convocado por su padre Gendo, jefe de la organización NERV a quien no ve desde hace diez años. Mientras espera a que vayan a buscarlo, es testigo del ataque de un monstruo gigante, a quien más tarde se la daría el nombre del Ángel Sachiel. Misato Katsuragi lo rescata, no sin antes llevarse un buen susto...

Shinji tiene un excelente nivel de sincronización, a pesar de que no tuvo ninguna clase de experiencia previa. Sin embargo, cuando enfrenta al Ángel, su personalidad insegura lo lleva a la derrota. Luego de recuperarse de sus heridas en una sala de asistencia, Misato decide llevarlo a vivir con ella a su apartamento. Shinji...

Shinji mejor adaptado a su nueva vida, comienza a concurrir a la escuela. Pronto se da cuenta de que esa niña piloto que conoció en NERV es su compañera de clase y que además se llama Rei Ayanami. Conoce también a dos compañeros, Kensuke Aida y Touji Suzuhara, quienes en un principio reniegan de Shinji, algo que a él no le...

Al comienzo se relata lo sucedido algunos días antes de la llegada de Shinji a NERV. El equipo se encontraba realizando una prueba de sincronización de Rei con el prototipo EVA-00, cuando inesperadamente la unidad comenzó a rechazar a la piloto y enloquecer. Es por este accidente que Rei aparece herida en el primer capítulo....

Misato elabora una estrategia para vencer a Ramiel y sabe que cuenta con muy poco tiempo y pocas posibilidades de triunfar, pero aun así es optimista. Mediante unos señuelos, se comprueba que el ángel ataca automáticamente a cualquier blanco que se aproxime a su radio de percepción, por lo que la única salida es atacar a...

Ritsuko y Misato son invitadas a una demostración de un prototipo de combate con generador propio llamado JA (Jet Alone), desarrollado por una organización que rivaliza con NERV. Ritsuko advierte al jefe de ese proyecto que un equipo de combate de esa naturaleza es inseguro y que corre riesgo de explotar por...

Misato invita a Shinji y a sus dos amigos a un supuesto paseo que se convierte en un viaje hasta una zona del mar donde se encuentra una flota de acorazados militares transportando al EVA-02. Al aterrizar conocen a Asuka, piloto de esa unidad y Kaji, quien parece tener una historia pasada con Misato. Gaghiel, el sexto ángel...

Asuka comienza a cursar en la misma escuela que Shinji, y se vuelve instantáneamente popular entre los demás alumnos. Isfrael, el séptimo ángel se acerca por la costa, los pilotos de EVA con sus unidades son enviados a enfrentarlo, pero Asuka se apresura por demostrar su autosuficiencia y lo corta en dos con un ataque. Al...

En la escuela se organiza una excursión a las platas de Okinawa. A Shinji, Asuka y Rei no les permiten ir para estar siempre disponibles por si ataca algún ángel. La situación de revierte mediante MAGI, la computadora de NERV, cuando descubren que hay un embrión de ángel en las profundidades de un volcán. Se decide poner en...

Un apagón general azota Tokio-3 y los tres generadores independientes de NERV tampoco funcionan. Todo indica que se trata de un sabotaje, y los pilotos quedan fuera de la base para empeorar la situación. Matarael, el noveno ángel aparece y se aproxima a NERV. Tras varios intentos, los pilotos llegan a la sala de abordaje...

En un flashback, vemos el pasado de Misato, quien quince años atrás su padre la salva de una muerte segura, tras el Segundo Impacto. La cicatriz que lleva en su cuerpo le recuerda estos sucesos mientras se viste frente al espejo. Se convierte en la tercera autoridad jerárquica de NERV tras un ascenso y se organiza una fiesta...

Ritsuko le enseña una nueva técnica de digitación a su asistente Maya Ibuki. Se explica cómo funciona MAGI, el sistema diseñado por la Dra. Akagi, madre de Ritsuko, gobernado por tres sub-sistemas, Melchor, Gaspar y Baltazar. La creadora explicó que cada parte representa una fase de su personalidad: la científica, la madre y...

El capítulo inicia con un resumen de los combates contra los 9 primeros ángeles, mencionando uno a uno los ataques de estos y la forma en que fueron derrotados (el 11° es sobre lo que cuestiona el Consejo de Seguridad al comandante Ikari) Gendo y Fuyutsuki niegan a la ONU el ataque de Ireul, para guardar las apariencias. En...

Luego de su viaje a Kioto, se confirma que Kaji es un espía. Con motivos de una boda, Ritsuko, Misato y Kaji se juntan en la fiesta, como en los viejos tiempos. Misato se emborracha y en un momento se aleja para ir al baño. Kaji aprovecha para coquetear con Ritsuko quien le advierte lo peligroso que es "jugar con fuego",...

Shinji supera a Asuka en una prueba de sincronización lo que le da bastante confianza en sí mismo. Leliel, el décimo segundo ángel aparece, y ante las provocaciones de Asuka, Shinji intenta detenerlo solo, sin darse cuenta de que el verdadero ángel es una enorme sombra de 680 m que engulle al EVA-01 a una dimensión llamada...

En la segunda rama (sede americana en Nevada, EE.UU.) intentaron aplicar el dispositivo S2 a la unidad EVA-04 y como resultado del experimento, la base íntegra desapareció sin explosión ni rastro alguno. Se supone que sucedió algo similar a la absorción del EVA-01 y que fue transportada a la zona del Mar de Dirac. El EVA-03...

Suzuhara no está realmente interesado en pilotar el EVA y durante la primera prueba, es poseído por Bardiel, el décimo tercer ángel. Los tres EVA son enviados a detenerlo, pero Shinji es el único que no sabe que en el interior se encuentra su amigo. Asuka pretende avisarle, pero el ángel la deja fuera de combate. Rei quiere...

Enfurecido al ver a su amigo casi muerto, Shinji se pone en contra de su padre y quiere destruir el Geofront, pero es detenido aumentando la presión de LCL. Suzuhara sobrevive pero pierde una pierna. Shinji decide abandonar NERV, enojado con su padre. Zeruel, el décimo cuarto ángel llega y la primera en intentar detenerlo es...

A partir de la incorporación del S2, el EVA-01 tiene autonomía, pero como Shinji sobrepasó el 400% de sincronización, fue absorbido por la unidad, como le sucedió a su madre años atrás. Comienza el plan de rescate, y cuando quedan pocas esperanzas, el núcleo S2 se activa y Shinji cae al suelo desnudo. Su madre lo ha salvado...

Seele utiliza a Kaji para secuestrar a Fuyutsuki para interrogarlo acerca del Proyecto Evangelion, Gendo y las verdaderas intenciones de NERV. De esto se esclarecen varios puntos acerca de la historia. Se explica como se fundó NERV, en qué consiste el Plan de Complementación Humana, qué es exactamente un Evangelion. También...

Se revelan más secretos del pasado de Asuka y sus sentimientos de autosuperación, ante el abandono de una madre que cayó en la locura, confundiéndola con una muñeca. Durante las pruebas de NERV vemos sus recuerdos que provocan un índice muy bajo de sincronización. Se habla de la creación de los EVA en serie, las unidades del...

Misato comienza a mostrar síntomas de depresión por la pérdida de Kaji. Se da cuenta de que su último regalo fue la información de las tareas de espionaje que NERV le había dado. Armisael, el décimo sexto ángel ataca y Asuka pierde por completo su sincronización, siendo Rei la que debe hacerse cargo otra vez. Pero las cosas...

Debido a la incapacidad de Asuka de pilotar, que además se encuentra en estado catatónico, SEELE envía a un misterioso Fifth Children (quinto elegido) llamado Kaworu Nagisa. Este chico se gana la confianza de Shinji, con el que mantiene una relación. Kaworu resulta ser el décimo séptimo Ángel que toma posesión del EVA-02 sin...

Shinji entra en fase introspectiva cuestionando sus sentimientos, e intenta comprender si era realmente necesario matar a Kaworu. Asuka se cuestiona su capacidad, no desea parecer completamente inútil y ser descartada, pero su mayor temor es la soledad. Rei busca en su interior el porqué de sus existencias, mientras Misato...

Shinji altera su percepción apareciendo en una dimensión paralela, donde sus padres viven con él, Asuka es su amiga de toda la vida y lo pasa a buscar todos los días para que no se quede dormido, mientras que Rei es la nueva alumna que llama la atención, es extrovertida y simpática con el resto de sus compañeros. En ese...